1. 办法适用对象限于小型商贸批发企业以及其他一般纳税人。此规定来源于认定办法。即并非对所有新一般纳税人实施辅导期管理。至于哪些企业属于批发企业，则按照国家统计局颁发的《国民经济行业分类》(GB/T4754-2002)中有关批发业的行业划分方法界定。
2. 只从事出口贸易，不需要使用增值税专用发票的企业不适用辅导期管理。因为辅导期管理侧重点在于销售发票的管理。纯粹出口企业不设计内销专用发票的开具。
3. 小型商贸企业的认定标准降低了。注册资金由500万元调整为80万元，这一规定使得更多符合规定的一般纳税人，无须经过辅导期便能进入正常的核算与申报。
4. 明确了认定为其他一般纳税人的四种情形。（一）增值税偷税数额占应纳税额的10%以上并且偷税数额在10万元以上的；（二）骗取出口退税的；（三）虚开增值税扣税凭证的；（四）国家税务总局规定的其他情形。稽查部门的参与，是“其他一般纳税人”纳入辅导期管理的前置程序。
5. 辅导期限缩短了。新认定为一般纳税人的小型商贸批发企业实行纳税辅导期管理的期限为3个 |
月；其他一般纳税人实行纳税辅导期管理的期限为6个月。旧规则只有一个期限，即六个月，现在是区别对待，对犯规者才实行6个月辅导期管理。
6. 辅导期内，纳税人取得的所有抵扣凭证，除了农产品收购发票或销售发票，全部实行“先比对后抵扣”的管理办法。
7. 辅导期一般纳税人开票最高限额放宽了。旧规则是一万元以内，现在是十万元以内。但是领购份数的规则没有发生变化。
8. 月内多次购票，先预缴税款。但是预缴税率按照新的3%。这个规则没有变化。预缴增值税只抵不退，辅导期满有余额再一次性退税。
9. 辅导期内进项税凭证实行“先比对后抵扣”办法，即只能对交叉稽核比对结果相符的增值税抵扣凭证才能申报抵扣进项税额，否则面临无法申报抵扣进项的风险。但是认定期限仍然是180天。
10. 由于辅导期实行“先比对后抵扣”办法，所以需要设置会计科目：应交税金——待抵扣进项税额。
11. 辅导期内发生了税收违法行为，重新实行辅导期管理。辅导期限应该是6个月，即按照其他一般纳税人来管理。 |
